De nachten van de pest speelt zich af in 1901. De derde pestepidemie heeft het fictieve Osmaanse eiland Minger bereikt. Sultan Abdülhamit stuurt zijn geliefde gezondheidsinspecteur Bonkowski pasja om te helpen de epidemie te stoppen. Maar de moslims en christenen op het eiland reageren heel verschillend op de maatregelen om de ziekte in te dammen. Het duurt niet lang of de pasja wordt ontzield op straat gevonden. Is het een willekeurige moord, of is deze daad onderdeel van een groter complot?

De sultan vraagt zijn nichtje en haar echtgenoot, de jonge, veelbelovende dokter Nuri, naar het eiland te gaan om dit uit te zoeken. Terwijl de spanningen tussen de twee bevolkingsgroepen blijven toenemen, dringen Engeland en Frankrijk bij de sultan aan op een afgrendeling van het eiland om Europa voor de pest te behoeden. Nu staan de eilandbewoners er alleen voor...